About ImageJ

画像処理をするためのソフトといったら、 Photoshop やGimpがまず思い浮かぶでしょう。ただ、これらのソフトは主に写真の補正や画像の合成などといったものに使われ、顕微鏡映像の解析やゲルの解析や細胞のカウントなどいわゆる科学的な画像の操作には不十分なところがあります。もちろん、上記のソフトでできないことはありません。しかし、科学的な画像解析には、以前から NIH Imageという Mac用のソフトがよく使われていました。

最近になって、このNIH Imageをどのプラットフォームでも動くようにしたいということで、NIH Imageの作者が同じ機能を持ったソフトを Javaで書きました。それが、今回紹介する ImageJです。

詳しい特徴はImageJのページを見ていただければわかりますが、そのなかから少し抜粋します。

File Formats: Open and save all supported data types as TIFF (uncompressed) or as raw data. Open and save GIF, JPEG, BMP and ASCII. Open DICOM, FITS and PGM. Open TIFFs, GIFs, JPEGs and raw data using a URL.

Speed: ImageJ is the world's fastest pure Java image processing program. It can filter a 2048x2048 image in 0.1 seconds (*). That's 40 million pixels per second!

Analysis: Measure area, mean, standard deviation, min and max of ROI or entire image. Measure lengths and angles. Use real world measurement units such as millimeters. Calibrate using density standards. Generate histograms and profile plots.

要は、色々読めてそれなりに速く、分析もいろいろできるということです。また、Plug-inも豊富にあり、自分でもそれなりに簡単にかけるので、欲しいと思った機能を自分で作ることもできます。

もし、今使っているソフトに物足りなさを感じているなら、 ImageJで実際に自分でプログラムを書いて分析するというのはどうでしょうか。画像ファイルのフォーマットに気を取られることなく、自由に画像処理ができます。

Rule of Open-Source Programming #1:

Don't whine unless you are going to implement it yourself.

    -- Shlomi Fish
    -- "Rules of Open Source Programming"

 <rindolf>  Deiu: which editor are you using?
    <Deiu>  Ugh, let me catch up with the convo first
    <Deiu>  And yeah, I use vim too
 <rindolf>  Deiu: ah good. If you were using Eight Megabytes And
            Continuously Swapping , I would have to swap you with it!
 <rindolf>  I have a column of vim tips on one of my blogs.
 <rindolf>  I also like Escape-Meta-Alt-Control-Shift.
 <rindolf>  There are a lot of jokes about Emacs.
     <Zuu>  There are lots of jokes about your mom too ;)
 <rindolf>  Zuu: eMom
     <Zuu>  eh?
 <rindolf>  e-Macs -> eMum
 <rindolf>  "Your Mom is so fat, only Emacs takes more memory than her."
     <Zuu>  nope, doesnt work
 <rindolf>  Zuu: :-(
     <Zuu>  Your emacs is so fat that your mom could fit in it
 <rindolf>  Heh.
     <Zuu>  ahhh, yes, much better
 <rindolf>  Zuu++
     <Zuu>  :P
       -->  dbm has joined ##programming
         *  rindolf stores some key/value pairs in dbm
         *  Zuu stores some moms in dbm
     <dbm>  lol
 <rindolf>  Zuu: you overflowed him.
     <Zuu>  :>
     <dbm>  ;)
 <rindolf>  Or her, don't know.
 <rindolf>  them.
     <dbm>  'him'
 <rindolf>  OK.
 <rindolf>  dbm: I don't recall your nick.
     <dbm>  dbm= dont bother me
 <rindolf>  don't be mean.
     <dbm>  ;)
     <Zuu>  or: do bother me

    -- Your Emacs is so fat
    -- ##programming, Freenode

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ImageJってなに？